Una gran cantidad de evidencia documenta la importancia del microbioma intestinal tanto en la salud como en una variedad de enfermedades humanas. Los estudios en células y animales que describen esta relación abundan, mientras que los estudios clínicos que exploran las asociaciones entre los cambios en la microbiota intestinal y los metabolitos correspondientes con neurodegeneración en el cerebro humano solo han comenzado a emerger más recientemente. Además, los hallazgos de tales estudios a menudo son difíciles de traducir en aplicaciones clínicas simples que resultan en resultados de salud medibles. El propósito de este artículo es evaluar la literatura sobre un conjunto selecto de biomarcadores fecales desde la perspectiva de un clínico. Esta revisión práctica tiene como objetivo examinar los procesos fisiológicos clave que influyen tanto en la salud gastrointestinal como cerebral.