Las amplias funciones inmunológicas de la autofagia abarcan inmunidad innata y adaptativa y, a menudo, se manifiestan en enfermedades inflamatorias. Los efectos inmunes de la autofagia se superponen parcialmente con sus funciones en el metabolismo y el control de la calidad citoplásmica, pero normalmente se expanden más allá para abarcar adaptaciones inmunológicas únicas. Una de las manifestaciones más apreciadas de la autofagia es la protección contra la invasión microbiana, pero esto de ninguna manera se limita a la eliminación directa de patógenos intracelulares e incluye una matriz estratificada de casi todos los principales procesos inmunológicos.
Esta revisión resume las amplias funciones inmunológicas de la autofagia. Además, utiliza el control autofagico de Mycobacterium tuberculosis como un paradigma para ilustrar la amplitud y la complejidad de los efectos inmunes de la autofagia.