La aplicación de probióticos y prebióticos a la manipulación de la ecología microbiana del colon humano ha visto recientemente muchos avances científicos. La secuenciación de los genomas probióticos está proporcionando una gran cantidad de información nueva sobre la biología de estos microorganismos. Además, estamos aprendiendo más sobre las interacciones de los probióticos con células humanas y con bacterias patógenas. Un medio alternativo para modular la comunidad microbiana del colon es mediante el uso de oligosacáridos prebióticos. El aumento del conocimiento del metabolismo de los prebióticos por parte de los probióticos nos permite considerar específicamente el objetivo de tales herramientas de intervención dietética en grupos de población específicos y estados de enfermedad específicos.