En la primera década de la era basada en la evidencia, que comenzó a mediados de 1990, se utilizó el metanálisis para analizar la homeopatía para evidencia de efectos beneficiosos en medicina. En esta revisión, los metanálisis incluidos agrupados son datos de ensayos clínicos de homeopatía controlados con placebo, y se analizaron las secuelas en forma de artículos de debate. En 1997 Klaus Linde y sus colegas identificaron 89 ensayos clínicos que mostraron un odds ratio general de 2,45 en favor de la homeopatía sobre el placebo. Hubo una tendencia hacia un beneficio menor de los estudios de la más alta calidad, pero las 10 pruebas con el puntaje más alto de Jadad todavía mostraron que la homeopatía tuvo un efecto estadísticamente significativo. Estos resultados desafiaron a los académicos a realizar análisis alternativos que, para demostrar la falta de efecto, se basaron en la exclusión de estudios, a menudo en la medida en que las conclusiones. Se basaron en solo 5–10% del material, o en virtual
datos. El último argumento contra la homeopatía es el «Diagrama de embudo» publicado por el grupo de investigación de Aijing Shang en 2005. Sin embargo, el gráfico de embudo es defectuoso cuando se aplica a una
mezcla de enfermedades, porque se esperan estudios con fuertes efectos de los tratamientos que son, por razones éticas, débiles o poco claros. Para concluir que la homeopatía carece de efecto clínico, más del 90% de los ensayos clínicos disponibles no se tuvieron en cuenta. Alternativamente, los métodos estadísticos defectuosos tenían que ser aplicadoe. Los metaanálisis futuros deberían centrarse en el uso de homeopatía en enfermedades específicas o grupos de enfermedades en lugar de agrupar datos de todos los ensayos clínicos.