COVID-19 se ha convertido en una pandemia global que amenaza a millones de personas en todo el mundo. Hay un llamado urgente para desarrollar medicamentos efectivos contra el virus (SARS-CoV-2) que causa esta enfermedad. La principal proteasa del SARS-CoV-2, la proteasa similar a 3C (3CLpro), está altamente conservada en los coronavirus y es esencial para el proceso de maduración de la poliproteína viral. Scutellariae radix (Huangqin en chino), la raíz de Scutellaria baicalensis ha sido ampliamente utilizada en la medicina tradicional china para tratar los síntomas relacionados con la infección viral. Los extractos de S. baicalensis han exhibido actividades antivirales de amplio espectro. Estudiamos la actividad anti-SARS-CoV-2 de S. baicalensis y sus compuestos ingredientes. Encontramos que el extracto de etanol de S. baicalensis inhibe la actividad de SARS-CoV-2 3CLpro in vitro y la replicación de SARS-CoV-2 en células Vero con una CE50 de 0,74 μg / ml. Entre los componentes principales de S. baicalensis, la baicaleína inhibe fuertemente la actividad de SARS-CoV-2 3CLpro con una CI50 de 0.39 μM. Además identificamos cuatro compuestos análogos de baicaleína de otras hierbas que inhiben la actividad de SARS-CoV-2 3CLpro a concentración microM. Este estudio demuestra que el extracto de S. baicalensis tiene una efectiva actividad anti-SARS-CoV-2 y que la baicaleína y los compuestos análogos son fuertes inhibidores de SARS-CoV-2 3CLpro.