Inmediatamente después del nacimiento, los recién nacidos experimentan una rápida colonización por microorganismos de sus madres y el entorno circundante. Las enfermedades en la infancia y más tarde en la vida están potencialmente mediadas por la perturbación de la colonización de la microbiota intestinal del lactante. Sin embargo, los efectos del parto por cesárea en las primeras etapas de la adquisición y el desarrollo de la microbiota intestinal, durante el período neonatal (≤1 mes), siguen siendo controvertidos. Aquí informamos la transmisión interrumpida de las cepas maternas de Bacteroides y la colonización de alto nivel por patógenos oportunistas asociados con el entorno hospitalario (incluidas las especies Enterococcus, Enterobacter y Klebsiella), en bebés que nacen por cesárea. Estos efectos también se observaron, en menor medida, en bebés con parto vaginal cuyas madres se sometieron a profilaxis antibiótica y en bebés que no fueron amamantados durante el período neonatal. Aplicamos muestreo longitudinal y análisis metagenómico de escopeta de genoma completo a 1.679 muestras de microbiota intestinal (tomadas en varios momentos durante el período neonatal y en la infancia) de 596 bebés nacidos a término en hospitales del Reino Unido; para un subconjunto de estos bebés, recolectamos muestras emparejadas adicionales de madres (175 madres emparejadas con 178 bebés).
Este análisis demuestra que el modo de entrega es un factor significativo que afecta la composición de la microbiota intestinal durante todo el período neonatal y hasta la infancia. El cultivo combinado a gran escala y la secuenciación del genoma completo de más de 800 cepas bacterianas de estos bebés identificaron factores de virulencia y resistencia antimicrobiana clínicamente relevante en patógenos oportunistas que pueden predisponer a los individuos a infecciones oportunistas.
Nuestros hallazgos resaltan el papel crítico del entorno local en el establecimiento de la microbiota intestinal en la vida muy temprana e identifican la colonización con patógenos oportunistas que contienen resistencia a los antimicrobianos como un factor de riesgo previamente subestimado en los nacimientos hospitalarios.
