La dieta cetogénica (KD) se emplea para tratar la epilepsia refractaria, pero los mecanismos subyacentes a sus efectos neuroprotectores siguen sin estar claros. Aquí, mostramos que la KD altera la microbiota intestinal y se requiere para la protección contra las convulsiones agudas inducidas eléctricamente y las convulsiones tónico-clónicas espontáneas en dos modelos de ratón. Los ratones tratados con antibióticos o sin gérmenes criados son resistentes a la protección contra ataques mediada por KD. El enriquecimiento y la co-colonización gnotobiótica con Akkermansia y Parabacteroides asociados con KD restaura la protección contra las convulsiones. Además, el trasplante de la microbiota intestinal KD y el tratamiento con Akkermansia y Parabacteroides confieren protección contra ataques a ratones alimentados con una dieta de control. Las alteraciones en los perfiles metabólicos del lumen, el suero y el hipocampo del colon se correlacionan con la protección anticonvulsiva. incluyendo reducciones en aminoácidos sistémicos gamma-glutamilados y niveles elevados de GABA / glutamato en el hipocampo. La alimentación cruzada bacteriana disminuye la actividad de la gamma-glutamiltranspeptidasa, e inhibir la gamma-glutamilación promueve la protección contra las convulsiones in vivo. En general, este estudio revela que la microbiota intestinal modula el metabolismo del huésped y la susceptibilidad a las convulsiones en ratones.